Конечно, Joomla не идеал и имеет свои недостатки. За бесплатность и открытый код пользователи вынуждены чем-то расплачиваться. По общему мнению, в жертву принесена безопасность. Нельзя сказать, что Joomla легко взламывается, однако, случаи взлома были и, к сожалению, будут. Статистика — вещь упрямая. Всему виной открытый код системы и ее компонентов, ошибки («дыры») в дополнительных модулях. В защиту системы стоит сказать, что есть огромный опыт по повышению уровня безопасности Joomla, есть форумы, есть патчи (заплатки) и самое главное, что все это на русском языке. Взломать же можно любой сайт.

Еще одним недостатком Joomla, опять же по статистике, была скорость загрузки. Сначала все в действительности было именно так. Но с выходом новых версий, скорость увеличилась, а после изучения других CMS данная проблема вообще перестала существовать. Все дело в том, что на скорость загрузки сайта влияет сразу несколько причин: нагрузки на сервер хостера, ширина канала данных (скорость трафика), скорость отборки из базы данных, скорость интерпретирования PHP кода. Начнем с конца: интерпретатор PHP — один из самых быстрых в мире языков программирования — к нему претензий вряд ли может быть. Отборка из базы данных напрямую зависит от сервера, где находится база, разработчики же любой CMS всегда находятся в состоянии оптимизации запросов к базе данных (у совершенства нет предела). А вот первые две причины становятся решающими.
Многими проводились различные тесты и замеры, чтобы разобраться с этим вопросом. Вывод получился простой: хотите, чтобы сайт быстро грузился, используйте поменьше обвеса и помощней хостинг. Это, собственно, касается любых сайтов. А в Joomla есть дополнительно ко всему еще и система кэширования, встроенная в базовый комплект, это не считая дополнительных компонентов по оптимизации скорости загрузки сайта.

Недостаток на уровне мифа. Якобы, сайты на Joomla плохо индексируются, и их не видят поисковики. Естественно, что продвижением сайта в поисковых системах надо заниматься дополнительно. Именно за то, чтобы сайт был раскрученным, платятся деньги за его «продвижение», оптимизацию и, наконец, внешнюю рекламу. На Joomla, как и на любой другой системе, есть свои средства для раскрутки (это и карта сайта и ЧПУ и еще многое другое), а значит плохая индексированность означает только то, что ею специально никто не занимался.

Конечно, при желании можно найти и другие недостатки у Joomla. Но все они устранимые!